Подобно Г. Спенсеру и другим позитивистам, Дж. П. Магаффи признавал прогресс, исторические закономерности которого сравнивал с закономерностями жизни отдельного человека. Основой прогресса он считал культуру. Его историческая концепция представляла собой яркое выражение состояния британского либерального антиковедения накануне эпохи империализма. Идеализируя древнейшие периоды развития Эллады, Магаффи объявлял их временами «наивного человеческого сердца» и поэзии. «Илиаду» он приписывал одной художественно развитой личности — Гомеру, тогда как «Одиссея» была, по его мнению, создана более поздним автором. Он также признавал значительное влияние восточной культуры на греческую. Эпоху эллинизма он понимал как «великий век космополитической культуры, подготовивший человечество к единству и миру Римской империи». В число его работ вошли: «Двенадцать лекций о примитивной цивилизации» (1868), «Греческие древности» (1876), «Введение в древнюю историю» (1879), «Общественная жизнь в Греции от Гомера до Менандра» (1880), «История классического периода греческой литературы» (1880; переведена на русский язык в 1882–1883 гг.), «История империи Александра» (1886), «Греческий мир под властью Рима» (1890), «Империя Птолемеев» (1896) и другие.