В. И. Фармаковский много занимался проблемами организации системы начального образования и всеобщего обучения, единой школы, регионализации образования, охраны здоровья детей, школьного питания, дисциплины учащихся, подготовки народных учителей. В разработанном им проекте о введении всеобщего начального обучения предлагалось поэтапное его осуществление с учетом различия экономических и культурных условий в отдельных регионах. Он также внес значительный вклад в теорию трудового обучения, рассматривая ручной труд учащихся как самостоятельный учебный предмет и в то же время как метод обучения. Автор многих работ методического и педагогического характера, в том числе пособий для учителей, популярных брошюр для общественных работников и ряда статей в педагогической периодике. Педагогические идеи В. И. Фармаковского, касающиеся вопросов изменения школьной программы, были позитивно встречены российской общественностью, но их практическая реализация началась только после Октябрьской революции, когда в России была впервые создана единая трудовая школа.