В своих диссертационных исследованиях и других работах первой половины 1880-х гг. Н. Я. Грот выступал с последовательной критикой метафизики. Историко-философский интерес к философии Возрождения (в первую очередь к пантеизму Джордано Бруно) привел к тому, что Н. Я. Грот перешел от резкой критики метафизики к ее обоснованию, видя в ней основу философского знания и пытаясь создать самостоятельную систему, используя для этого элементы философии Дж. Бруно, И. Канта, А. Шопенгауэра и Э. Гартмана. В последние годы жизни Н. Я. Грот постоянно обращался к проблемам этики и психологии. Известность получила его книга "Очерк философии Платона", написанная на основе курса лекций, прочитанного Н. Я. Гротом осенью 1891 г. в Московском университете.