Научные исследования И. П. Минаева были сосредоточены на древней, средневековой и новой истории стран Южной Азии (литература, философия, лингвистика, культура в широком смысле, география, особенно историческая, этнография, фольклор). Именно он положил начало широким исследованиям в области буддологии в России. И. П. Минаев собрал богатейшую коллекцию санскритских и палийских рукописей, перевел и издал ряд буддийских памятников. Среди его учеников — крупнейшие индологи, академики С. Ф. Ольденбург и Ф. И. Щербатской, языковед и историк Д. Н. Кудрявский и другие.