Глубоко интересуясь семитологией, Г. Г. Генкель почти всецело посвятил себя разработке и популяризации многих ее вопросов. Им были написаны очерки о выдающемся еврейском мыслителе Саадии Гаоне (по поводу тысячелетия со дня его рождения), которые вышли в 1895 г. отдельной книгой под заглавием «Р. Саадия Гаон, знаменитый еврейский ученый X века». Труд этот, основанный на исследованиях арабских и еврейских источников, дает полную картину эпохи Саадии, его литературной борьбы с караимами, его экзегетических трудов и философских концепций. Г. Г. Генкелю принадлежит первый перевод на русский язык «Иудейских древностей» Иосифа Флавия (СПб., 1899); вместе с Я. И. Израильсоном он перевел также книгу Иосифа Флавия «О древности еврейского народа. Против Апиона» (СПб., 1895). Им были напечатаны статьи по истории еврейской литературы и древней культуры в журналах «Восход», «Будущность», «Вестник и библиотека самообразования»; сделаны переводы зарубежных работ по истории Древнего Востока и общему языкознанию.