М. И. Придорогин дал ценные рекомендации по развитию племенного животноводства и указал методы выведения новых отечественных пород животных. В многократно переиздававшемся труде «Экстерьер. Оценка сельскохозяйственных животных по наружному осмотру» (1897; 7-е изд. — 1949) он изложил разработанные им принципы оценки сельскохозяйственных животных по наружному осмотру и предложил метод определения живого веса и возраста животных. Разрабатывая вопросы улучшения старых и создания новых пород, он придавал большое значение межпородному скрещиванию (с обязательным использованием местных пород), а также рациональному кормлению животных. Заведуя фермой Московского сельскохозяйственного института, М. И. Придорогин добился в 1910 г. рекордного по тому времени удоя — 4200 кг молока за год (ранее удои коров этого стада за год составляли в среднем 2763 кг). Он также занимался большой общественной деятельностью и всю свою жизнь неутомимо ездил по стране: организовывал опытные станции и выставки, проводил экспертизу скота, осматривал племенные хозяйства, обследовал состояние животноводства в самых отдаленных губерниях.