В своей кандидатской работе «Хилиазм первых трех веков христианства» (1875) Я. И. Алфионов различал два вида хилиастических представлений: 1) идеи, сформировавшиеся в иудаизме под влиянием «национальных иудейских представлений мессианского царства» и получившие развитие в иудействующих сектах первых веков христианства (Керинф, эбиониты); 2) идеи, возникшие в христианской среде как следствие гонений на христиан и развившиеся в учение о «духовном» 1000-летнем Христовом царстве. В магистерской диссертации «Император Юлиан и его отношение к христианству» (1877) Я. И. Алфионов впервые в отечественной литературе представил критический разбор первоисточников и более поздних исследований деятельности Юлиана Отступника, анализ предпосылок языческих реформ императора и попыток преобразования им язычества на основе неоплатонизма. Значительное место автор уделил исследованию литературной полемики Юлиана с христианством.