В философском творчестве Л. М. Лопатина можно обнаружить влияние идей В. С. Соловьева (с которым они были друзьями детства), Г. Лейбница, Р. Г. Лотце, А. Шопенгауэра. Он развивал идеалистическую теорию, определяемую как «монистический спиритуализм». По его представлениям, весь мир есть совокупность деятельных существ, происходящих от абсолютного начала и наделенных духовностью, которая для внешнего наблюдателя проявляется как материальное. Философские идеи Л. М. Лопатина оказали большое влияние как на его университетских учеников (П. А. Флоренского, С. Л. Франка), так и на тех, с кем ему приходилось полемизировать, в том числе Н. А. Бердяева и Л. И. Шестова.