За время редакторской работы А. П. Лопухина возросло число публикаций по Священному Писанию, общей церковной истории, литургике, церковной археологии, богословию. Будучи преподавателем духовной академии, он перевел и издал ряд произведений Ф. Фаррара, труды Фомы Кемпийского, Г. Ульгорна и др. По его инициативе было начато издание полного собрания творений святого Иоанна Златоуста (первые шесть томов этого издания вышли под его редакцией). В переводах А. П. Лопухина современники отмечали "освещение событий с точки зрения православного богослова". В число его трудов вошли: "О ветхозаветных пророках" (1870), "Римский католицизм в Северной Америке" (1881), "Законодательство Моисея" (1882), "Руководство к библейской истории Ветхого Завета" (1888), "Руководство к библейской истории Нового Завета" (1889), "Библейская история при свете новейших исследований и открытий" (1889--1890; 1895) и другие.