С. С. Шашков был разносторонне образованным человеком; он являлся знатоком русской истории и литературы, а также сибирской истории и этнографии, хорошо знал несколько древних и новых языков. По разнообразным вопросам им было написано свыше тысячи статей, многие из которых не утратили своего значения и в наше время. В их числе работы по истории Сибири, истории русской общественной мысли и рабочего движения. Особенность его таланта состояла в умении проводить параллели между отдаленными историческими событиями и настоящим моментом жизни России. При этом работы С. С. Шашкова были проникнуты горячей верой в прогресс, надеждой на возможность осуществления в жизни светлых идеалов. Некоторые свои статьи он собрал в отдельно изданные «Исторические этюды» (1872) и «Исторические очерки» (1875); эти работы, а также труды об историческом положении женщин, вошли в посмертное Собрание сочинений С. С. Шашкова, вышедшее в 1898 г.