Доктор технических наук, профессор. Заслуженный деятель науки РФ. Окончил факультет гидротехнического строительства Московского инженерно-строительного института; аспирант ВНИИ ВОДГЕО (водоснабжения, канализации, гидротехнических сооружений и инженерной геологии). В 1947–1963 гг. работал во ВНИИ ВОДГЕО, в 1963–1971 гг. — в НИИ оснований и подземных сооружений в качестве руководителя лаборатории механики мерзлых грунтов. В 1951 г. защитил кандидатскую диссертацию, в 1968 г. — докторскую диссертацию на тему «Вопросы прочности грунтов и устойчивости оснований сооружений». С 1971 г. — профессор кафедры «Механика грунтов, основания и фундаменты» Московского инженерно-строительного института (ныне Московский государственный строительный университет). Почетный иностранный доктор Будапештского технического университета. Член редколлегий журнала «Основания, фундаменты и механика грунтов», польского журнала «Архивум гидротехники».
В область научных интересов М. В. Малышева входили проблемы механики грунтов и геотехники. Основными направлениями его научной работы были: предельное равновесие сыпучей среды, установление нелинейных зависимостей между напряжениями и деформациями в грунтах экспериментальным путем и расчетные зависимости, решение задач о напряженно-деформированном состоянии в однородных и слоистых основаниях при нелинейной зависимости между напряжениями и деформациями, прогноз осадок фундаментов при нелинейной деформируемости грунтов, прочность песчаных грунтов, давление грунтов на трубопроводы, укладываемые в них. Автор более 170 научных статей и докладов в отечественной и зарубежной печати. Автор и редактор ряда статей в Большой советской энциклопедии, Строительной энциклопедии, Справочнике проектировщика.