Первая значительная работа Фюстель де Куланжа «Гражданская община древнего мира» (1864) была посвящена древней истории. После Франко-прусской войны 1870–1871 гг. он до конца жизни занимался историей Средних веков. В своем главном труде «История общественного строя древней Франции» (в 6 т.) он выступил против выдвинутой О. Тьерри, Ф. Гизо и другими идеи о решающей роли классовой борьбы в истории Средневековья и закономерности революций. По его мнению, переход от Античности к Средним векам был постепенным преобразованием учреждений поздней Римской империи (романистическая концепция), и в основе европейской цивилизации лежат лишь римские, а не германские, общественные институты. Фюстель де Куланж был выдающимся знатоком документального материала, мастером тонкого и всестороннего его анализа; ввел в научный оборот много новых исторических источников. И хотя романистическая концепция была подвергнута серьезной критике (в том числе русскими учеными М. М. Ковалевским, П. Г. Виноградовым и др.), идеи Фюстель де Куланжа оказали в начале XX в. заметное влияние на западную историографию.