Свою главную задачу A. M. Иванцов-Платонов видел как в широкой популяризации церковной истории, так и в постановке ее изучения на научную основу. Среди его университетских курсов одно из первых мест занимала историография раннего христианства, издание которой, по словам современника, «сделало бы честь русской церковно-исторической науке». Наряду с церковно-историческими проблемами в его работах затронуто множество богословских, философских, канонических вопросов. А. М. Иванцов-Платонов считал, что для церковного историка крайне желательно университетское образование. Из его сочинений наибольшую известность получили: «История отделения церкви Западной от Восточной», «Светская власть папы», «Очерк истории христианства у славян» (первая по времени работа по этому предмету в отечественной литературе), «Ереси и расколы первых трех веков христианства», «Религия и наука» и другие.