Русский экономист и земский статистик, либеральный народник. Родился в Архангельской губернии, в семье смотрителя народных училищ; брат В. С. Пругавина, А. С. Пругавин, стал известным историком, исследователем старообрядчества и сектантства. В 1880 г. окончил Петровскую земледельческую и лесную академию. Занимался исследованием кустарных промыслов Владимирской губернии; собрал богатейший материал, изданный в нескольких томах под заглавием «Промыслы Владимирской губернии» (1882–1884). Неоднократно попадал под надзор полиции как лицо «сомнительной политической благонадежности». В 1884–1886 гг. заведовал земскими статистическими работами в Екатеринославской губернии. Сотрудничал в различных периодических изданиях; автор многих статей по экономическим вопросам в «Юридическом вестнике», «Русских ведомостях» и «Русской мысли». Последние годы жизни находился на излечении от душевной болезни в Преображенской больнице в Москве, где и умер в 1896 г.
В. С. Пругавин получил известность прежде всего своими исследованиями состояния кустарных промыслов и сельской общины, в которых он выступил убежденным защитником общинного крестьянского землевладения. В развитии артелей кустарей, создаваемых на началах «общности и солидарности интересов», он видел средство предотвратить проникновение капиталистических отношений в крестьянские промыслы. Утопичным было его представление о возможности развития России без капитализма; критику его народнических воззрений дал В. И. Ленин в работе «Развитие капитализма в России». В число работ В. С. Пругавина вошли: «Очерки кустарной промышленности России по последним исследованиям частных лиц, земств и комиссий» (1882), «Сельская община, кустарные промыслы и земледельческое хозяйство Юрьевского уезда Владимирской губернии» (1884), «Русская земельная община в трудах ее местных исследователей» (1888) и другие.