Ю. Л. Щапова — автор более 200 работ, среди которых 3 учебных пособия и 6 монографий. Одна из них, «Принципы описания изделий из стекла с древнейших времен до XIII в.» — совместное грузино-польско-российское исследование, было издано на французском языке в Варшаве в 2002 г., 28 лет спустя после его завершения. В ее книге «Археологическая эпоха» (М.: URSS) представлена оригинальная модель хронологии, периодизации и развития археологической эпохи в целом.
Ю. Л. Щапова — признанный авторитет среди отечественных и зарубежных специалистов. Она была членом российских и международных научных объединений: МОИП при МГУ, Ассоциации «История и компьютер», Международной ассоциации по истории стекла, Международного общества по применению методов технических и точных наук в археологии при ЮНЕСКО и Совете Европы. Награждена медалями. Лауреат премии имени М. В. Ломоносова, дипломант МОИП. Подготовила 13 кандидатов исторических наук.