Н. А. Рожков — крупный специалист в области экономической истории России ХVI–ХIХ вв., автор более 300 научных трудов. Согласно его концепции, история — это чередование «органических» (эволюционных) и «критических» (революционных) эпох; при этом революция трактуется как ускоренная эволюция. Развитие этой концепции отражено в работах «Город и деревня в русской истории» (1902, 1904), «Обзор русской истории с социологической точки зрения» (в 2 ч.; 1903–1905), «Основные законы развития общественных явлений» (1907), «Русская история в сравнительно-историческом освещении» (в 12 т.; 1918–1926). В работе «Сельское хозяйство Московской Руси в XVI в.» (1899) он первым среди русских историков пришел к выводу о сельскохозяйственном кризисе во второй половине XVI в. В монографии «Происхождение самодержавия в России» (1906) на большом архивном материале проследил развитие и дифференциацию органов государственной власти в ХVI–ХVII вв. В 1920-е гг. Н. А. Рожков занимался вопросами развития капитализма в России.