Направления научно-исследовательской деятельности Е. И. Чигаревой: австрийская культура, творчество В. А. Моцарта и его современников, проблемы музыкального языка в некоторых стилях XX в. (Б. Бартока, А. Г. Шнитке, А. Л. Локшина, Н. С. Корндорфа и других), семантика музыкального языка, слово и музыка, художественная индивидуальность музыкального произведения. Автор более 200 работ. Член Бюро Российского отделения Международного общества по изучению творчества И. В. Гёте и культуры его времени при Научном совете по истории мировой культуры Российской академии наук. Лауреат III Всесоюзного конкурса музыковедов имени Б. В. Асафьева (1992, за книгу «Альфред Шнитке: очерк жизни и творчества», в соавторстве с В. Н. Холоповой).