Я. Э. Голосовкер — автор многих работ по философии, теории перевода, истории литературы, а также художественных произведений. В центр своей философии он поставил воображение («имагинацию»), к которому свел понятия идеального, духовного и трансцендентального. Философия была отделена им от науки и отождествлена с искусством, так как сами идеи, полагал он, суть продукт воображения, и бытие как мир идей существует только в воображении, тогда как в природе есть его антитеза — существование. Он также проводил исследования в области античной мифологии; его главным трудом стала «Античная мифология как единый миф о богах и героях», из которой была опубликована первая, теоретическая часть «Логика античного мифа» (вторая часть не была написана, но ее черновики легли в основу популярной книги для детей «Сказания о титанах»). Известность получили его переводы, в том числе произведений Ф. Гёльдерлина, классической работы Ф. Ницше «Так говорил Заратустра». Многие переводы и рукописи сочинений из его архива были опубликованы только после смерти автора.