Итогом многолетней научной деятельности А. А. Исаева стала публикация обобщающего трактата "Начала политической экономии" (1894), который был многократно переиздан и считался среди специалистов одним из лучших учебных пособий. Во многом под влиянием работ К. Маркса А. А. Исаев сформулировал принципы общей теории распределения: одна часть национального дохода идет на покрытие нужд работающих классов, другая ("прибавочная ценность") составляет избыток производства и присваивается предпринимателем. Значительное внимание он уделял вопросам эволюции общины, а также кооперации; по его мнению, только община могла защитить русское крестьянство от пролетаризации при переходе России к новому строю, который А. А. Исаев определял как совокупность свободных кооперативных хозяйств.