Главным трудом Ю. Г. Жуковского стала книга «История политической литературы XIX столетия» (1871), в которой основное внимание было уделено учениям экономистов классической школы. Являясь талантливым популяризатором, он в стройной форме передавал сущность идей и воззрений различных авторов. При этом он нередко выходил за пределы простого изложения концепций известных экономистов, подвергая их работы подробному анализу. Особое внимание уделялось им системе Д. Рикардо, которую он проиллюстрировал с помощью математических формул. Им также были написаны работы «Деньги и банки» (1906), «Население и земледелие» (1907), «Промышленность» (1910), «Крестьянское дело и общественная инициатива» (1911) и другие. Широкую известность получила статья Ю. Г. Жуковского «Карл Маркс и его книга о капитале», опубликованная в 1877 г. в журнале «Вестник Европы», в которой он подверг резкой критике учение Маркса. После выхода этой статьи в обществе развернулась оживленная дискуссия, в которой принял участие в том числе и сам К. Маркс, написав письмо в редакцию журнала «Отечественные записки».