Философские взгляды А. С. Лубкина представляют собой освоение западноевропейских идей (рационализма, сенсуализма, эмпиризма, философии «здравого смысла»), осуществляемое с характерным для русской философии углубленным интересом к нравственно-религиозным вопросам. В «Письмах о критической философии» (1805) он впервые в русской литературе подверг рассмотрению и критике философию И. Канта с позиций сенсуализма. Ряд оригинальных идей А. С. Лубкин высказал в логике. По его мнению, логика — часть философии, «научающая изысканию и исследованию истины», а истина — «сходство мысли с предметом мысли». Элементы вольномыслия в его последней работе «Начертание метафизики» послужили поводом к запрещению ее печатания; она была опубликована посмертно в 1818–1819 гг.