Свои философские взгляды, сложившиеся под влиянием немецких мыслителей Г. Лейбница, Р. Г. Лотце и Г. Тейхмюллера, А. А. Козлов называл панпсихизмом, утверждая, что все сущее имеет в основе психическое начало. Согласно его учению, мир представляет собой бесконечное множество самостоятельных духовных субстанций, непосредственно связанных с центральной субстанцией --- Богом. Таким образом, А. А. Козлов был одним из первых в России представителей персонализма --- направления философии, признающего личность первичной творческой реальностью и высшей духовной ценностью. Известность получили его работы "Философские этюды" (1876--1880), "Философия действительности" (1884), "Религия графа Л. Н. Толстого, его учение о жизни и любви" (1895). Идеи А. А. Козлова оказали влияние на творчество выдающихся российских философов --- его сына и последователя С. А. Аскольдова, а также Н. А. Бердяева, Л. М. Лопатина, Н. О. Лосского.