М. Ю. Лахтин вел большую научную и педагогическую работу. Он выступал за создание научно-исследовательского института по истории медицины; им была разработана программа преподавания этого предмета. Особую ценность имели его работы по истории медицины в допетровской Руси, основанные на тщательном изучении подлинных рукописей того времени. Им были впервые опубликованы многие первоисточники. Известность получили его труды: «Большие операции в истории хирургии» (1901), «Краткий биографический словарь знаменитых врачей всех времен» (1902), «Медицина и врачи в Московском государстве (в допетровской Руси)» (1906), «Старинные памятники медицинской письменности» (1911), «Материалы к истории психиатрии в России» (1912).