В условиях роста угрозы со стороны наполеоновской Франции М. Б. Барклай де Толли разработал программу по перевооружению русской армии и укреплению оборонительной системы. В первый период Отечественной войны 1812 г. он командовал 1–й армией и до назначения главнокомандующим М. И. Кутузова осуществлял общее руководство войсками. По его инициативе были созданы первые партизанские отряды; он настаивал на заманивании Наполеона вглубь страны с целью его ослабления, что вызвало недовольство при дворе и в армии. Во время Бородинской битвы руководил правым флангом и центром, прикрывая дорогу на Москву. На военном совете в Филях высказался, как и М. И. Кутузов, за оставление столицы ради спасения армии. Успешно руководил русскими и прусскими войсками в 1813 г. и во время вторжения союзников во Францию в 1814 г., в том числе в сражениях под Торном, Кульмом, Лейпцигом и Парижем. За свои заслуги был возведен в графское, а затем в княжеское достоинство; после взятия Парижа получил фельдмаршальский жезл.