В 1860-1870-е гг. Н. Е. Скворцовым был задуман и отчасти выполнен цикл работ критического плана, посвященный эпистемологическим диалогам Платона "Протагор", "Менон" и "Теэтет". В этих работах содержались как критическое рассмотрение платоновских концепций, так и общий обзор диалогов с разбором отдельных разночтений и критических замечаний переводчиков и издателей сочинений Платона. Н. Е. Скворцов был известен и как автор сочинений по педагогике; в число его работ вошли: "Об организме гимназии: Часть теоретическая" (1881), "Об организме гимназии: Часть практическая" (1889), "О надлежащем приготовлении учителей гимназии" (1890), "Об университетском учении вообще и историко-филологическом в частности" (1891), "Современное педагогическое образование учителей немецких гимназий" (1894), "Недуги нашего учебного дела" (1896) и другие.