Философия Э. Бутру формировалась под влиянием идей спиритуализма — философского воззрения, рассматривающего дух в качестве бестелесной субстанции, существующей независимо от материи. По его мнению, законы науки, не будучи абсолютно строгими, оставляют место случайности, индивидуальному действию и в конечном счете творческому принципу, необъяснимому божественному началу, то есть Творцу. В работах по истории философии Э. Бутру излагал мысли авторов максимально ясным языком, стремясь сохранить их живость и выявить оригинальный вклад, ведущую идею каждого философа. Его труды оказали значительное влияние на французскую философскую мысль, в частности на работы Анри Пуанкаре, Пьера Дюгема, Мориса Блонделя, Леона Брюнсвика, Анри Бергсона.