Э. Н. Мирзоян входил в состав двух академических комиссий: Комиссии по разработке научного наследия академика В. И. Вернадского и Комиссии по сохранению и разработке научного наследия академика Н. И. Вавилова, а также в состав двух экспертных комиссий при Президиуме РАН: по присуждению премий имени академика А. Н. Северцова и академика И. И. Шмальгаузена. Был действительным членом Московского общества испытателей природы, руководил Секцией истории естествознания, входил в состав Совета общества и редколлегии журнала "Бюллетень МОИП. Отдел биологический"; являлся членом Российского философского общества и Национального географического общества США.
Автор более 200 научных публикаций и книг, среди которых: "Индивидуальное развитие и эволюция" (1963), "Развитие учения о рекапитуляции" (1974), "Развитие основных концепций эволюционной гистологии" (1980), "Развитие сравнительно-эволюционной биохимии в России" (1984), "Московское общество испытателей природы: 200 лет служения России (1805–2005)" (2005), "Этюды по истории теоретической биологии" (2006), "Николай Иванович Вавилов и его учение" (2007), "Эволюция, эмбриология и генетика: Очерк истории проблемы соотношения онтогенеза и филогенеза" (М.: URSS), "Становление экологических концепций в СССР: Семь выдающихся теорий (Д. Н. Кашкаров, В. В. Станчинский, С. А. Северцов, В. Н. Беклемишев, Л. Г. Раменский, Р. Ф. Геккер, Л. С. Берг)" (М.: URSS), «Становление экологических концепций в СССР: Биогеоценология В. Н. Сукачева» (М.: URSS), «Становление экологических концепций в СССР: Концепция экологических закономерностей эволюции С. С. Шварца. Теоретическая биология В. И. Вернадского» (М.: URSS).