А. Ч. Козаржевский — автор десятков работ по классической филологии, истории раннего христианства, истории Русской православной церкви. Им была создана рациональная методика преподавания латинского и древнегреческого языков, разработаны лекционные курсы «Мастерство устной речи», «Ораторское искусство», «Памятники мировой истории и культуры», специальные курсы по источниковедению новозаветного библейского канона и греческому диалекту койне. Ему принадлежат статьи по античной литературе в Большой советской энциклопедии и в Советской исторической энциклопедии, а также пользующиеся широкой популярностью «Учебник древнегреческого языка» и «Учебник латинского языка» для студентов гуманитарных вузов.