В круг научных интересов С. И. Баскакова входили диэлектрические волноводы, лучевые волноводы миллиметрового диапазона волн, распространение волн в турбулентной плазме, электронные пучки высоких энергий для исследования плазмы и другие темы. Многие годы он преподавал курсы «Электродинамика и распространение радиоволн» и «Радиотехнические цепи и сигналы». Его учебниками и учебными пособиями пользуются все студенты, изучающие цикл курсов по теоретическим основам радиотехники. В число его работ вошли: «Основы электродинамики», «Радиотехнические цепи и сигналы» (URSS), «Радиотехнические цепи и сигналы: Руководство к решению задач» (URSS), «Лекции по теории цепей» (URSS) и другие.