А. С. Лаппо-Данилевский — автор около 200 научных работ по проблемам истории общества, государства, права, научной мысли России, а также по историографии, источниковедению, археографии, архивоведению и другим специальным историческим дисциплинам, по историософии, теории и методологии исторического познания. Большое значение имела его деятельность в области источниковедения и дипломатики, в том числе в исследовании писцовых книг как исторических источников. Труды А. С. Лаппо-Данилевского, богатые фактическим материалом, и в наши дни сохранили научную ценность. В их число входили: «Скифские древности» (1887), «Очерк внутренней политики императрицы Екатерины II» (1898), «Русские промышленные и торговые компании в первой половине XVIII ст. Исторический очерк» (1899), «Методология истории» (1910–1913; главный теоретический труд ученого), «Очерк русской дипломатики частных актов» (1920) и другие.