В области дошкольной педагогики Е. Н. Водовозова была последовательницей К. Д. Ушинского. В своем главном труде "Умственное и нравственное воспитание детей от первого проявления сознания до школьного возраста" (1871; книга неоднократно переиздавалась), отдавая должное основным идеям Ф. Фрёбеля, она убедительно показала недостатки его системы и предложила родителям и работникам детских садов свои оригинальные разработки для проведения игр и занятий с детьми. Подбор игр и планирование занятий она осуществляла таким образом, чтобы жизнь детей была интересной и содержательной, строилась в духе русских традиций, пробуждала и удовлетворяла интерес к окружающему миру. Этой цели служили и рекомендованные ею программы прогулок, экскурсий и наблюдений, творческой деятельности, физических упражнений, подвижных народных игр, посильного труда детей и т. д. Широкой известностью пользовалась ее книга "Жизнь европейских народов" (в 3 т.; СПб., 1875–1883), в которой был показан общественный и экономический уклад народов Европы.