В своих философских работах, наибольшую известность из которых получили "Микрокосм" (1856--1864; в 3 т.) и "Система философии" (1874--1879), Р. Г. Лотце развивал идеи объективного идеализма, близкие к учению о монадах Г. Лейбница. При этом в ходе развития его взгляды претерпевали значительные изменения; как философ он боролся за синтез метафизики немецкого идеализма (от Лейбница до Гегеля) и точных естественных наук и медицины. В своих трудах по медицине и физиологии он отстаивал некоторые положения механистического материализма и критиковал витализм. Таким образом, его философская система имела целью примирить потребности духа с выводами науки. В логике и теории познания Лотце ввел телеологическое понятие значимости как специфической характеристики мыслительного содержания, а в этике --- понятие ценности. Вплоть до первого десятилетия XX века он считался самым значительным философом в Германии после Гегеля; его идеи оказали большое влияние на Э. Гуссерля, В. Виндельбанда, К. Штумпфа и многих других известных мыслителей.