Л. И. Лотова — автор более 160 научных публикаций, в том числе монографий «Анатомия коры хвойных» (1987), «Микроструктура коры основных лиственных деревьев и кустарников Восточной Европы» (1998), «Анатомия коры розоцветных: разнообразие, эволюция, таксономическое значение» (2005; в соавт. с А. К. Тимониным). Кроме того, она является автором свыше 25 учебно-методических пособий, в числе которых широко используемые в высших учебных заведениях России и выдержавшие по нескольку изданий: «Практикум по анатомии и морфологии растений», «Практикум по анатомии растений» (в соавт.), «Практикум по цитологии» (в соавт.), «Пособие по систематике цветковых растений» (в соавт.) и др.