Автор целого ряда книг о Шуберте, две из которых — «„Прекрасная мельничиха“ Франца Шуберта» (М.: URSS) и «Фортепианные сонаты Франца Шуберта» (М.: URSS) — получили признание за рубежом, в Австрии и Германии.
Ю. Н. Хохловым были подготовлены сборники «Жизнь Франца Шуберта в документах» (1963) и «Воспоминания о Шуберте» (1964). Он являлся также составителем и редактором нескольких шубертовских нотных изданий, в том числе шеститомного русского издания избранных песен Шуберта (1975–1980).
Ю. Н. Хохлов — инициатор создания русского Шубертовского общества и его председатель на протяжении ряда лет, с 1994 по 2001 год; позже был почетным председателем и художественным руководителем этого общества. В 1998 году Ю. Н. Хохлов был избран почетным членом Международного Шубертовского института (Вена).