Индивидуально и в соавторстве опубликовал свыше 250 научных работ, в числе которых более 10 монографий. Среди них особое место занимает ряд книг, написанных им в многолетнем сотрудничестве с В. Н. Лексиным: «Государство и регионы. Теория и практика государственного регулирования территориального развития» (1997, свыше десяти переизданий), «Новые проблемы российских городов» (1999), пятитомник «Муниципальная Россия. Социально-экономическая ситуация, право, статистика» (2001), «Реформы и регионы. Системный анализ процессов реформирования региональной экономики, становления федерализма и местного самоуправления» (2012). В соавторстве (с Э. Марквартом) также вышло в свет в РАНХиГС при Президенте РФ учебное пособие «Территориальная организация местного самоуправления и управление городскими агломерациями» (2017). Кроме того, его перу принадлежат персональные монографии: «Экономические ресурсы муниципального развития: финансы, имущество, земля» (2002), «Государственная поддержка российских городов» (2002), «Совершенствование региональной политики. Концепции и практика» (2011), «Информационное общество. Теория и практика становления в мире и России» (2012). Имеет большой опыт экспертно-консультативной работы для нужд федеральных и региональных органов государственной власти, муниципальных образований, крупных корпоративных структур, международных проектов.