Круг научных интересов Э. М. Сороко весьма широк и объемлет в междисциплинарном аспекте различные нерешенные проблемы общей теории гармонии систем и синергетики. Это, в частности, философские проблемы, такие как: диалектические проявления принципа раздвоения единого; "закон развития меры" как "закон степеней" (Гегель); тетраонтология и тетраэпистемология; неравновесная устойчивость самоорганизующихся систем в природе, обществе и творческой деятельности человека; интегральное измерение действительности и системного качества вещей; собственное (внутреннее) время и пространство саморазвивающихся и самоорганизующихся систем; размерность, топология, метрика, структура, функционирование и фазы развития локальных универсумов (философ, по определению Х. Ортега-и-Гассета, есть "специалист по универсумам"); обобщенные золотые сечения как инварианты эволюции и аттракторы самоорганизации систем; структуры-аттракторы и структуры-дистракторы (структуры-репеллеры); пифагорейская доктрина миропорядка в условиях Нового времени; символ как свернутое время и как память культуры; социальная экология и глобальный эволюционизм.