Автор 70 научных работ, в том числе монографии «Комбинаторные свойства дискретных структур и приложения к криптологии» и задачника по дискретной математике. Читает курсы лекций по дискретной математике, комбинаторике, кодированию и криптологии, руководит работой учебных и научных семинаров. Под научным руководством Ю. В. Таранникова защищено 4 кандидатских диссертации и 38 дипломных работ.