Еще на третьем курсе университета С. Г. Ковнер написал работу о великом философе Спинозе, которая одновременно выходила в киевских «Университетских известиях» и была напечатана отдельным изданием (1862). Работа получила хорошие отзывы многих профессоров Киевского университета. В дальнейшем всю свою жизнь он посвятил изучению истории медицины. С 1878 г. в «Университетских известиях» начали публиковаться его очерки по истории развития медицинской науки, которые положили начало изданию ряда работ, ставших одними из первых на русском языке руководств по истории медицины.
В их числе: «История медицины» (1878–1888; вып. 1: Медицина Востока и Древней Греции до Гиппократа; вып. 2: Гиппократ; вып. 3: Медицина от смерти Гиппократа до Галена включительно), «История арабской медицины» (1893), «История средневековой медицины» (1893–1897; вып. 1–2), «Хирургия во второй половине Средних веков: XIII–XV вв.» (1895), «Сифилис в древности и в Средние века» (1896).