Основные монографии: «Наука, философия и религия в раннем пифагореизме» (СПб., 1994; немецкий перевод: 1995), «Зарождение истории науки в античности» (СПб., 2002; английский перевод: 2006), «Пифагор и ранние пифагорейцы» (М.: URSS; английский перевод: 2012). В числе изданных под его редакцией книг: А. И. Зайцев «Культурный переворот в Древней Греции VIII–V вв. до н. э.» (СПб., 2000), У. К. Ч. Гатри «История греческой философии. Т.1: Ранние досократики и пифагорейцы» (СПб., 2015), С. Я. Лурье «Избранные работы по истории науки» (СПб., 2016).