С. К. Кузнецов проводил многочисленные раскопки в районах Прикамья и Поволжья и публиковал их результаты. Он много изучал жизнь и обычаи черемисов (марийцев), вотяков (удмуртов) и мордвы; зная их язык, он писал о них в русских, немецких и финских изданиях. В качестве специалиста-этнографа он свидетельствовал на получившем широкий общественный резонанс "Мултанском процессе" против существования человеческих жертвоприношений у вотяков. Он также получил большую известность как библиофил и собиратель материалов по истории Сибири и северных областей Европейской России XVII–XIX вв. Его библиотека насчитывала около 12 тысяч томов и до 20 тысяч брошюр по русской истории, этнографии, археологии, в числе которых были редкие издания. Даже после переезда в Москву он продолжал интересоваться Сибирью и активно занимался созданием "сибирской библиографии", для чего в 1906 г. организовал студенческий кружок, которым руководил до последних дней жизни.