С. А. Токарев — автор более 250 работ, среди которых — книги и статьи о народах СССР, Европы, Австралии и Океании, Америки; по истории российской и зарубежной этнографии (этнологии); по истории, методологии, методике этнографических исследований; о происхождении религии и истории религий. Широкую известность получили его монументальный труд «Этнография народов СССР. Исторические основы быта и культуры» (1958), фундаментальные тома «Народы Америки», «Народы зарубежной Европы», «Народы Австралии и Океании», где он выступил как ответственный редактор и автор большинства разделов. Им была подготовлена к печати знаменитая двухтомная энциклопедия «Мифы народов мира», за второе издание которой С. А. Токарев был удостоен Государственной премии СССР. Многие его работы были переведены на различные европейские и восточные языки; несколько поколений отечественных и зарубежных этнографов называли его своим учителем.