Яркой чертой в жизни протоиерея Е. А. Попова была его литературная деятельность, ставшая прямым продолжением его проповеднической работы. Полагая, что недостаточно нести живое слово с церковного амвона, он написал и издал большими по тому времени тиражами ряд книг, брошюр и листков, которые печатались как в местных, так и в столичных церковных и светских изданиях. Его труды по пастырскому богословию получили высокую оценку крупнейших церковных ученых; сочинения по догматическому и нравственному богословию были рекомендованы учебным комитетом при Святейшем Синоде для духовных семинарий. В 1867 г. император Александр II, после прочтения сочинений священника Е. А. Попова, одобренных Синодом, наградил его кабинетным золотым наперсным крестом. В 1876 г. Е. А. Попов стал почетным членом Санкт-Петербургской духовной академии; избрание скромного провинциального священника в члены Академии стало большой сенсацией в среде столичного духовенства.