М. А. Мензбир — один из основателей русской орнитологии и зоогеографии, а также основатель русской школы сравнительных анатомов. Им была собрана огромная коллекция птиц нашей страны, которая хранится в Зоологическом музее МГУ, и написана первая полная сводка о птицах всего земного шара. Он был известен и как пропагандист идей Ч. Дарвина, посвятивший проблемам эволюции и дарвинизма около 20 работ. Его магистерская диссертация стала классическим исследованием по теоретической зоогеографии, а докторская диссертация — одной из первых работ по сравнительной анатомии позвоночных. Его книги «Птицы России» (1893–1895; в 2 т.) и «Охотничьи и промысловые птицы Европейской России и Кавказа» (1900–1902; в 2 т., с атласом) стали первыми полными сводками по систематике и биологии птиц России. В числе его учеников — выдающиеся советские биологи Н. К. Кольцов, С. С. Четвериков, А. Н. Северцов, П. П. Сушкин, Д. П. Филатов, А. Ф. Котс и многие другие.