И. Н. Жданов — автор целого ряда трудов по древней литературе и народной словесности, в которых он изучал памятники русской литературы сравнительно с произведениями других литератур. В число этих работ вошли его магистерская диссертация «К литературной истории русской былевой поэзии» (1881) и защищенная в 1895 г. докторская диссертация «Русский былевой эпос», представляющая собой крупный вклад в науку (обе — переизд. в URSS). Он исследовал связи устного поэтического творчества с письменной литературой, а также письменные, фольклорные и исторические источники эпоса. Важной стороной его работ стало отыскание связи и взаимодействия между литературными памятниками и народными произведениями. Известность получили его труды: «Материалы для истории Стоглавого собора» (1876), «Русская поэзия в домонгольскую эпоху» (1879), «Литература Слова о полку Игореве» (1881) и другие.