М. В. Довнар-Запольский — автор свыше 200 научных трудов по этнографии, социально-экономической и политической истории Белоруссии, России, Украины, Литвы, Польши, в том числе таких крупных исследований, как «Очерк истории кривичской и дреговичской земель до конца XII столетия» (1891), «Государственное хозяйство Великого княжества Литовского при Ягеллонах» (1901; магистерская диссертация), «Очерки по организации западнорусского крестьянства в XVI в.» (1905; докторская диссертация), «На заре крестьянской свободы» (1911), «Народное хозяйство Белоруссии. 1861–1914 гг.» (1926) и другие. Будучи сторонником так называемого «экономического материализма», он считал, что движущей силой истории являются экономические процессы, отдавал предпочтение роли товарного обмена. М. В. Довнар-Запольский много занимался исследованиями истоков и становления белорусской государственности, национальной и культурной самобытности белорусского народа.