Работа над «Единством бытия» началась летом 1992 г., и к 1995 г. автором были подготовлены основные материалы и главы, составившие впоследствии первый том. Концепция второго тома, представленного в настоящем издании, была сформирована в 2001 г. А в 2008 г., продолжая работу над первыми двумя томами, Кононов задумал структуру третьего тома (он должен был быть посвящён новейшей истории, с 1917 г. до середины 1960-х гг.). К сожалению, этот проект не был закончен и существует сейчас только в отдельных набросках, не содержащих цельной картины авторского замысла.