Наибольшую известность Куно Фишеру принесла фундаментальная десятитомная "История новой философии" (1852–1877), в которой содержался обширный материал об учениях, жизни и деятельности великих философов — Р. Декарта, Б. Спинозы, Г. В. Лейбница, И. Канта, И. Г. Фихте, Ф. Шеллинга, Г. Гегеля. При изложении истории философии К. Фишер выдвигал на первый план три задачи: усвоение духа данной философской системы, выяснение связи этой системы с личностью ее творца и выяснение ее связи с другими учениями и направлениями философской мысли. Также при изложении различных учений ему случалось попутно затрагивать различные глубокие и интересные вопросы, вызывавшие оживленный спор в философской литературе. Кроме того, им был написан ряд работ по эстетике и истории литературы, в том числе о творчестве и философских взглядах И. В. Гёте, Г. Э. Лессинга, Ф. Шиллера, У. Шекспира.