Джон Мёррей принадлежит к числу выдающихся ученых-естествоиспытателей XIX – начала XX века. Около 23 лет своей жизни он отдал научной и литературной обработке материалов экспедиции на "Челленджере", составивших в итоге 50 томов; при их публикации он сделал общее описание рейса, а также стал автором раздела о морских донных отложениях. Им также было опубликовано много статей по вопросам гидрографии, океанографии, метеорологии и биологии в специальных научных журналах. Он дал классификацию морских грунтов, составил обзорные батиметрические карты Атлантического и Тихого океанов. Член Королевского общества Эдинбурга (1876), Лондонского королевского общества (1896), иностранный член-корреспондент Петербургской академии наук (1897). В 1895 г. был награжден Королевской медалью Лондонского королевского общества.