В многочисленных работах Л. Пфаундлера, опубликованных главным образом в изданиях Венской академии наук, исследовались в основном физико-химические проблемы: диссоциация, теплоемкость растворов и чистой воды, изучение охладительных смесей, определение молекулярного веса и т. д. В 1867 г. он предложил объяснение механизма протекания обратимых реакций на основе кинетической теории газов. Им были изобретены некоторые научные приборы, в том числе сейсмограф и устройство для оптической демонстрации фигур Лиссажу; написано несколько работ по описанию форм рельефа и исследованию ледников в Альпах, а также популярная книга "Физика обыденной жизни", неоднократно переизданная в Германии и переведенная на русский язык.