По своим философским воззрениям В. А. Зайцев был материалистом, последователем К. Фохта, Я. Молешотта и Л. Бюхнера. Явления общественной и психической жизни сводились им к физико-химическим процессам; он также считал, что история целиком объясняется естествознанием. Исходя из своих историко-философских взглядов, В. А. Зайцев (вслед за Д. И. Писаревым) развивал план преобразования русской действительности путем полезной деятельности, опирающейся на естествознание, путем пропаганды естествознания. Будучи убежденным сторонником идеи социализма, он выступал за промышленное развитие России, которое должно привести, по его мысли, к просвещению народа — условию будущей революции. Помимо литературно-критических статей, которые были для него по цензурным условиям формой публицистики, В. А. Зайцев много занимался переводами работ западных философов и историков, написал два руководства по всемирной истории: «Древняя история Востока» (1879) и «Древняя история Запада» (1882).